La diciassettenne Suzume si ritrova nel dovere di chiudere porte in varie aree disastrate del Giappone, porte che sono in gran parte responsabili della devastazione prevalente. La sua avventura inizia in un'idilliaca città del Kyushu, nel sud-ovest del Giappone, quando incontra un giovane uomo in cerca di una porta molto specifica. Suzume si imbatte in effetti in una singola porta, segnata dal tempo, in mezzo alle rovine – quasi come se fosse rimasta intatta da ogni catastrofe. Catturata dal richiamo della porta, Suzume allunga la mano verso la maniglia... Improvvisamente, porte si aprono in tutto il paese scatenando distruzioni devastanti. Suzume deve affrontare la sfida di chiudere questi portali per prevenire un male ancora maggiore.